“我生病了”，“我发烧了”，“我喉咙肿了” 强调的是事情的发生。（了1+了2）
请病假的时候说“我头痛”强调的是痛的感受在持续，不是强调事情的发生或完成，一般情况下不是一痛就请假吧？所以一般不加“了”。
如果要加了，可以改成“我头痛了一上午了”，说话的时候还痛。（了1+了2）
我头不痛了。 这个“了”表示状态的改变。（语气助词了2）
个人观点，欢迎继续讨论。
(more)请病假的时候说“我头痛”强调的是痛的感受在持续，不是强调事情的发生或完成，一般情况下不是一痛就请假吧？所以一般不加“了”。
如果要加了，可以改成“我头痛了一上午了”，说话的时候还痛。（了1+了2）
我头不痛了。 这个“了”表示状态的改变。（语气助词了2）
个人观点，欢迎继续讨论。